Helicobacter pylori es una bacteria con forma de hélice que se aloja en el estómago y el duodeno. Cuenta con un método único para tolerar el ambiente hostil del estómago. El interior del estómago se baña en alrededor de dos litros de jugo gástrico por día. Ese jugo está hecho de enzimas digestivas y ácido clorhídrico concentrado, que puede desintegrar la comida más dura o cualquier microbio. Bacterias, virus y hasta el asado de ayer terminan disueltos en ese baño letal de sustancias químicas. Antes se creía que el estómago no tenía bacterias y era totalmente estéril, pero el Helicobacter pylori vino a romper ese mito.
El estómago se defiende de su propio jugo gástrico gracias a una capa gruesa de moco que recubre las paredes internas.
El Helicobacter pylori aprovecha esa barrera y se instala justo en esa capa mucosa. Una vez que el H. pylori se acomoda bien en dicha pared, logra combatir el ácido estomacal que le llega usando una enzima propia llamada ureasa. La ureasa transforma la urea, que abunda en el estómago (viene de la saliva y los jugos gástricos), en bicarbonato y amoníaco, que son bases potentes. Esto genera una nube de sustancias que neutralizan el ácido alrededor del H. pylori, resguardándolo del peligro en el estómago. La reacción de hidrólisis de la urea es clave para detectar el H. pylori mediante la prueba de aliento.
Otro mecanismo de defensa del H. pylori es que las protecciones naturales del cuerpo no logran llegar hasta la bacteria en la capa mucosa del estómago. El sistema inmune reacciona ante la infección por H. pylori enviando glóbulos blancos, linfocitos T asesinos y otros agentes antiinfecciosos. Sin embargo, estos posibles eliminadores del H. pylori no pueden acceder al foco, porque les cuesta atravesar el revestimiento estomacal. No se retiran tampoco, y la respuesta inmune se intensifica cada vez más. Los polimorfonucleares mueren y liberan sus compuestos destructivos (como radicales superóxido) sobre las células del revestimiento estomacal. Se envían nutrientes extra para respaldar a los glóbulos blancos, y el H. pylori se alimenta de eso. En unos días, surge una gastritis y quizás, con el tiempo, una úlcera péptica. Puede que no sea el H. pylori en sí el que genera la úlcera péptica, sino la inflamación del revestimiento estomacal; o sea, la reacción ante el H. pylori.H. pylori provocando una respuesta de neutrófilos (gastritis crónica activa) en el revestimiento del estómago.